液體中的氣泡是指液體中混入氣體并被一層薄薄的液體所覆蓋時產生的。包圍這個氣泡的膜是由液體中的表面活性劑形成的；換句話說，氣體被包裹在由表面活性劑構成的膜中。也就是說，在氣泡表面（稱為薄片的液體層）上，表面活性劑的疏水基團在空氣側，親水基團在水側，包圍著氣體并形成穩定的結構。

有機硅消泡劑是通過破壞這種表面活性劑的分子順序來發揮其消泡作用的。泡沫表面的粘度是由于界面吸附物質之間的擬橋結構引起的。有機硅消泡劑具有極小的表面張力，當其黏附于泡沫表面時，能夠吸引泡沫表面的界面吸附物質，破壞泡沫表面的假橋結構，使氣泡分離，從而顯著降低泡沫的表面張力，發揮消泡作用。

此外，表面活性劑還會受到一種稱為馬蘭戈尼效應的現象的影響，即如果表面的吸附密度存在偏差，則會出現表面張力梯度，導致表面活性劑移回較薄的區域。這種現象保持了表面活性劑層的彈性，使泡沫保持穩定。但當加入有機硅消泡劑時，表面活性劑層被有機硅所取代，分子間作用力較弱，導致泡沫表面失去彈性，從而導致消泡。

內壓較高的小氣泡依次被內壓較低的大氣泡吸收的現象稱為氣體擴散。在表面活性劑的存在下，層狀層中氣體的擴散速率降低，泡沫變得穩定。但如果將泡沫表面的表面活性劑層部分用有機硅消泡劑代替，由于有機硅的氣體滲透性較高，因此可以促進氣體擴散，從而起到消泡的作用。